2021年12月28日、日本政府より水際対策強化に係る新たな措置が発出され、2021年12月31日まで実施することとなっていた全ての国・地域からの「外国人の新規入国停止」および「有効なワクチン証明書保持者に対する行動制限緩和措置の見直し」については、「特段の事情」がある場合を除いて、当面の間継続されることとなりました。昨年10月ごろより従来の水際対策への緩和措置として、一定の条件下にて留学生、技能実習生、中長期の在留資格を持つ外国人の日本への新規入国を認めていましたが、イギリスをはじめ世界各国で感染力の強い変異株（以下、オミクロン株）が、相次いで確認されていることを受け、昨年12月初旬より新規入国停止の措置を行っていました。
既に発給された査証の効力停止
オミクロン株対応の水際対策措置として「日本人の配偶者等」「永住者の配偶者等」又は「外交」の在留資格を取得する方以外の外国籍の方に対し、2021年12月2日より前に発給された査証の効力が一時停止となっています。また、日本への上陸申請日前14日以内に南アフリカ共和国などを含む11か国に滞在歴がある方は、当分の間、再入国が認められません。他方、これらの国に滞在歴があっても、2021年12月1日（コンゴ民主共和国については12月11日）までに出国した「永住者」「日本人の配偶者等」「永住者の配偶者等」または「定住者」の在留資格を有する方は再入国が可能となっています。さらに、入国拒否対象国・地域からの渡航か否かを問わず、日本人を含む全ての入国者は、入国時の検査を受けた上で、検疫所長の指定する場所（自宅等）で14日間待機し、国内において公共交通機関を使用しないことが要請されています。